Outra interessante área de aplicabilidade dos óleos ozonizados é na medicina dentária. Inicialmente, dadas as propriedades antimicrobianas e cicatrizantes do ozono, a utilização de óleos ozonizados foi apenas proposta como desinfetante e coadjuvante da cicatrização. Mas, atualmente, os óleos ozonizados já apresentam muitas outras aplicabilidades nesta área, são utilizados por exemplo, para o tratamento de infeções dentárias associadas a doença periodontal, para o controlo da placa bacteriana, no tratamento de gengivite, de úlceras aftosas, herpes labial, candidíase oral, queilite angular (boqueira) e, são potencialmente úteis em doentes com líquen plano oral (diminuindo o ardor).
Para além disso, os óleos ozonizados também são aconselhados após a extração de dentes (por permitem que a cicatrização acelere), para o tratamento de recessão gengival, tratamento odontológico, para a remineralização da superfície dentária, branqueamento dentário, sensibilidade dentária, prevenção de cáries e a sua preparação em gel (estilo pasta de dentes) permite ainda reduzir a desmineralização do esmalte ao redor do aparelho ortodôntico, durante o tempo de utilização do mesmo.