Otro ámbito interesante de aplicación de los aceites ozonizados es la odontología. Inicialmente, dadas las propiedades antimicrobianas y cicatrizantes del ozono, la utilización de los aceites ozonizados sólo se propuso como desinfectante y coadyuvante de cicatrización. Pero, actualmente los aceites ozonizados, tienen ya muchas otras aplicaciones en este ámbito. Por ejemplo, se utilizan para el tratamiento de las infecciones dentales asociadas a la enfermedad periodontal, para el control de la placa bacteriana, en el tratamiento de la gingivitis, las aftas, el herpes labial, la candidiasis oral, la queilitis angular (úlceras bucales) y, son potencialmente útiles en pacientes con liquen plano oral (al reducir el ardor).
Además, los aceites ozonizados también se recomiendan: después de la extracción de una pieza dental (ya que permiten acelerar el proceso de cicatrización), para el tratamiento de la recesión gingival, el tratamiento odontológico, la remineralización de la superficie dental, el blanqueamiento dental, la sensibilidad dental, la prevención de caries, y su preparación en forma de gel (similar a un dentífrico) también permite reducir la desmineralización del esmalte alrededor del aparato de ortodoncia durante el período de su utilización.